穗頸瘟對產量和品質影響較大，一旦發生，無法控制。田間出現穗頸瘟與品種抗性、天氣條件、地理位置以及前期的預防不到位有很大關系。通常前期出現苗瘟和葉瘟的田塊，后期發生穗頸瘟可能性非常大；前期出現節瘟的田塊，后期必定會發生穗頸瘟，只是發生程度的輕重而已。

山區以及冷浸田盡量選用抗病品種，播種前進行必要的種子處理，增施硅鋅肥可有效減輕發病，苗期進行一次稻瘟病的預防，如果預防后分蘗期依然出現葉瘟癥狀，必須在破口前3－5天用藥一次，老病區或感病品種齊穗期“在雨前”再施藥一次，防治時加入有機硅療效更好。